法律分析：
原则上已经认证的不允许对方作废。但是实际上有时候在沟通不畅的时候，会出现一方认证一方作废重开的情形。处理办法是，认证方做进项税转出即可。但是不能退给对方，对方作废之后没有作废在手边，对于税务的专项检查需要出具说明。因此这需要购销双方功能协调。
法律依据：
《专用使用规定》 第二十条 同时具有下列情形的，为本规定所称作废条件： (一)收到退回的联、抵扣联时间未超过销售方开票当月; (二)销售方未抄税并且未记账; (三)购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用代码、号码认证不符”。 本规定所称抄税，是报税前用IC卡或者IC卡和软盘抄取开票数据电文。
