跨县合作医疗报销比例一样，具体如下：
1、在乡镇卫生院就医。最高可报销医疗费用100元，报销比例为90%；
2、在县级定点医院就医。最高可报销医疗费用200元，报销比例为82%；
3、在市级定点医院就医。最高可报销医疗费用500元，报销比例为65%；
4、省级定点就医医院。最高可报销医疗费用700元，报销比例为55%；
5、非省外定点医院就医。最高可报销医疗费用1000元，报销比例为45%。
异地医疗报销办理流程如下：
1、院前或入院后3天内，拨打新农合家庭咨询电话进行住院挂号，出院后，必须由居住地的事处或居委会出具居住证；
2、属于农民工的，必须由移民单位出具移民证明，出院后，复印病历，概要明细，住院费用单，出院证明，然后携带患者身份证，合作医疗证明和居住或工作证明回参保地点报销；
3、外地新农合报销材料，患者农村合作医疗证明，户口本，身份证原件。新型农村合作医疗转诊转移省级统一审批表。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
