律师分析：
用人单位在对工伤认定书中的劳动关系存在异议时，协商不成的前提下应当向劳动仲裁委员会申请仲裁。 对于已经作出了工伤结论认定后，用人单位提出对劳动关系存在争议时如何处理，关键点是要厘清劳动关系与工伤认定之间的关系。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》
第三十六条 职工因工作原因受到事故伤害或者患职业病，且经工伤认定的，享受工伤保险待遇;其中，经劳动能力鉴定丧失劳动能力的，享受伤残待遇。
工伤认定和劳动能力鉴定应当简捷、方便。
第三十七条 职工因下列情形之一导致本人在工作中伤亡的，不认定为工伤：
(一)故意犯罪;
(二)醉酒或者吸毒;
(三)自残或者自杀;
(四)法律、行规规定的其他情形。
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